Прошло двадцать лет с тех пор как ядерная война изменила облик Земли навсегда. Группке выживших, которая составляет не более чем тысячу людей, приходится укрываться на бывшей нацисткой базе, которую те построили в год своего падения на темной стороне Луны. Остатки человечества живут в мире и спокойствии, управляемые героиней первого фильма Ренатой Рихтер. В фильме «Железное небо 2» за выживание людей будет бороться именно ее дочь — Оби Вашингтон. Но все меняется за один день, когда на лунную базу незаконно вторгается самолет.

Как оказывается, обитатели темной стороны Луны не единственные, кто выжил в ядерной катастрофе. Саша, пилот корабля, рассказывает жителям убежища, что Президент Соединенных Штатов выжил и прячется в бункере у центра Земли. И о том, что его пытается найти и уничтожить предводитель расы Врилов, захвативших власть на планете, который воплотился в… Адольфа Гитлера. На помощь героям приходит Вольфганг Корцфлейш, уцелевший в битве за Луну в первой части, и он раскрывает им тайну, призванную спасти человечество. Теперь выжившим предстоит вернуться на Землю и под ледниками Антарктиды обнаружить то, что сможет возродить человечество.